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这项国际首个古代奶制品遗存基因组研究的重要成果，由中国科学院古脊椎动物与古人类研究所(古脊椎所)付巧妹研究团队联合中国科学院大学人文学院杨益民教授，并与新疆文物考古研究所、新疆大学、国家文物局考古研究中心等科研同行合作完成，相关研究论文于北京时间9月25日夜间在国际著名学术期刊《细胞》(Cell)上线发表，并被选为重点推荐论文。

团队介绍说，不同人群文化对食品发酵有各自的偏好，生业模式的转变及农业发展也和发酵技术的演变息息相关。尽管人类食用发酵奶制品的历史悠久，但目前关于人类历史上对发酵微生物的应用和技术交流历史，以及发酵微生物本身的演化过程，特别是发酵微生物在长时间驯化条件下功能性基因的演变知之甚少。因此，针对古代发酵奶制品展开系统的古微生物基因组研究，成为探究这些问题的关键手段。

研究发现用于发酵的开菲尔乳酸菌分两个重要支系：一个支系主要包括来自欧洲(德国)、亚洲沿海和岛屿地区(广东、台湾岛和日本、新加坡)的菌株，其符合从高加索扩散到欧洲及亚洲和东南亚沿海地区的扩散路线；另一支系主要包括分布在东亚内陆地区(包括西藏)的菌株，新疆塔里木盆地古人群用于发酵开菲尔酸奶的菌株便来自该支系，且处在基部位置。这就表明，存在另一条通过技术文化交流将开菲尔酸奶制作工艺从新疆地区传播至东亚内陆的传播路线。

一是对环境压力的适应性，相比于青铜时代的开菲尔乳酸菌，现代开菲尔乳酸菌的菌株中出现了可能参与到耐药机制的基因簇；二是细菌基因组防御机制的增强，现代开菲尔乳酸菌出现与细菌自身免疫相关的基因簇，能对抗外源DNA入侵，从而维持基因组的稳定性；三是对人类肠道环境相关的适应，现代开菲尔乳酸菌的菌株中出现与细胞壁表面结构及潜在的与宿主会发生相互作用的基因簇，这些基因簇的出现很可能与其自身和人类的长期互动有关。

考虑到开菲尔酸奶的制作是通过开菲尔粒进行，而古人群在贸易交流中能够很方便交易开菲尔粒，那么这些基因簇的出现很可能与当时人群对携带不同支系开菲尔乳酸菌的开菲尔粒的偏好有关。由此来看，开菲尔乳酸菌这样长时间被人类驯化利用的菌株，其基因组演化除了菌株本身的适应性演化外，也是人类长时间对微生物具偏好性驯化的结果。