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Un jeune lycéen, Yûji Sakai, voit le monde se figer autour de lui, il est dans un fuzetsu alors qu'il rentrait tranquillement de l'école. Apparaissent alors deux monstres dévorant les gens, comme suspendus dans le temps, autour de Yûji. Alors que le monstre s'intéresse à cet humain qui peut encore se déplacer, une jeune fille à l'aura de feu, une Flame haze, apparaît et tranche le Rinne, ainsi que Yûji. La fille lui explique alors qu'il est déjà mort depuis longtemps et a été remplacé par une Torche, une âme temporaire de substitution. L'amie qui l'accompagnait, Yukari Hirai, se révèle avoir été remplacée par une torche à la fin de ce combat. Celle-ci sombre peu à peu dans l'oubli collectif puis disparaît au bout de quelques jours, Shana ayant assisté à son évaporation récupéra un peu de sa flamme et prit sa place dans le monde des humains, depuis ses camarades de classe l'appellent Hirai sans avoir remarqué quelques différences avec la précédente Hirai. Paradoxalement, l'existence de Yûji persiste. Shana, la Flame haze, doit alors veiller sur lui malgré son ennui car il s'agit d'un Mystes, renfermant un pouvoir puissant, un Hôgu du nom de Reiji Maigo, lui permettant de rallumer sa torche tous les soirs à minuit (heure du Japon), de ce fait, son intégration à la classe de Yûji l'aide fortement à être à ses côtés en permanence, elle se révèle également très intelligente et terrorise certains de ses professeurs. Yûji, désormais certain de ne plus disparaître, décide de l'aider activement dans sa lutte contre les Tomogara de Guze, seigneurs d'un monde parallèle dont une partie utilise la force d'existence des humains pour gagner en pouvoir.